Küçük hamamın bitişiğinde Selçuklu mimari tarzında yapılmış olan cami 1297 seneninde Selçuklu Sultanı II. Mesut tarafından cami olarak yaptırılmış, Osmanlı padişahlarından II. Mahmut'un eniştesi ve veziri Yörgüç Paşa'nın erkek çocuğu Amasya Mustafa Bey tarafından onarttırılmış ve bunun üzerine de Yörgüç Paşazade Mustafa Bey ismini almıştır. 1979 seneninde bazı kısımları yenilenmiştir . Ulusal mücadele senelerinde  30 Mayıs ve 6 Haziran  mitingleri bu camide başlamıştır. Restore edilen cami hali hazırda geçmişini yaşatarak hizmet vermektedir. Kaplıcaların bitişiğinde bulunması hasebiyle, kaplıcalar cami olarak da anılmaktadır.