Jeolojik yapı itibariyle yörenin jeomorfolojik ve hidrolojik gelişim merhalelerini ve özelliklerini de içeren Gökgöl Mağarası birbirinden değişik dört kattan oluşmuştur. Birinci katı oluşturan ağız bölümü ve etrafı (mağaranın ilk oluşan bölümü) ile Büyük Çöküntü Salonu’nda bulunan damlataşların bulunduğu ikinci kat tamamiyle fosilleşmiştir. Mağaranın en genç bölümü olan üçüncü ve dördüncü katlarda Damlataşlar Salonu, yer altı deresi ve aktif küçük kol bulunur. Mağaranın ikisi fosilleşmiş, biri aktif olmak üzere üç ağzı vardır.Girişi sağlayan fosil ağızlardan büyük olanı, görkemli görünümüyle dikkat çekicidir. Dar ve sulu olan aktif ağız ise giriş için uygun değildir. Kollarıyla beraber toplam uzunluğu 3350 metre olan Gökgöl Mağarası, doğu, güneydoğu - batı, kuzeybatı istikametinde gelişen ana galeri ile iki büyük yan koladan olmuştur. Dar ve sulu bir sifonla sona eren ana galeriden sonra, yan kollardan gelen suların birleşerek oluşturduğu Büyük Çöküntü Salonu’nda yer altı deresi görülür. Yürüyüş yolu üzerinde bulunan ve köprülerle geçilen bu dere, mağaranın aktif ağzından Erçek Deresi’ne dökülür. Mağara içi damlataş birikimi istikametinden son derece zengin olan Gökgöl Mağarası, her traverten, sarkıt, dikit sütunlar yanında, bayrak, perde, akma damlataşları ile süslüdür. Aktif ve yarı aktif katlarda duvar damlataşları, makarna sarkıtlar, mağara gülleri, mağara iğneleri ve içi su dolu damlataş havuzları bulunmaktadır. Gelişim halinde olan bu damlataşlar, mağaradaki oluşumun hala devam ettiğinin belirtileridir. Gökgöl Mağarası’nın ilk 875 metresi turizm emelli kullanıma açılmıştır. Girişten Büyük Çöküntü Salonu’na kadar uzanan bu bölüm 2-15 metre genişlik, 1-18 metre yükseklikte olup, Fosil Giriş, Damlataşlar Galerisi, Çöküntü Salonu, Muhteşem Salon, Büyük Çöküntü Salonu ve Mükemmeller Salonu gibi isimlerle nitelendirilmiştir. Aydınlatması yapılan bu alanda yürüyüş parkuru, köprüler ve seyir terasları bulunmaktadır