Bozcaada’da irili ufaklı bir hayli koy bulunuyor. Bu koyların çoğundan denize girilebilir. Adanın denizi Kuzey Ege gibi çok sıcak değil. Altın rengi kumları ve turkuaz rengi deniziyle tanınmış kişi Ayazma Plajı’nda günübirlik tesisler bulunuyor. Adanın bu en popüler plajı dışında Ayazma Plajı’nın yanındaki Sulubahçe Koyu da seçenek edilebilir. Burası kuruluş olmadığı için ıssız diyebiliriz. Denizi hem kumluk, hem taşlık olan Habbele Plajı, sakin olan diğer bir koy. Beylik Koyu ise adanın saklı koylarından biri. Ayazma Plajı’nın solunda bulunuyor. Akvaryum Koyu’nda ise deniz altındaki çeşitlilik görülebilir. Ayazma Plajı, Sulubahçe Koyu, Habbele Plajı, Beylik Koyu ve Akvaryum Koyu'na minibüsle erişmek olası. Merkezden yürüyerek 45 dakikada erişebileceğiniz Çayır Koyu ise lodosta kesinlikle gidilmesi şart olan bir koy. Tuzburnu Feneri’nin yanındaki Tuzburnu Koyu, adanın merkezine en yakın koylarından olan Poyraz Limanı Koyu ve Tekirbahçe Koyu yeniden lodosta seçenek edilebilecek plajlar. Adanın merkezindeki Bozcaada Yat Limanı ve kale arkası denilen bölgedeki beton iskeleden denize girilebilir.