Cami, medrese, türbe, imaret ve handan oluşan Yeşil Külliye, eğimli bir arazi üzerine inşa edilmiştir. Külliye yapıları, özellikle 1855 yılındaki depremde büyük zarar görmüştür. Han, günümüzde mevcut değildir. Yakın zamana kadar harap durumda olan imaret ise, onarılarak kafe olarak kullanılmaya başlanmıştır.

“Tabhaneli camiler” plan şemasında inşa edilmiş cami, bir orta avlu çevresine yerleştirilmiş harim ve dört tabhane mekanı ile orta avluya açılan iki eyvandan oluşmaktadır. Avlunun ortasında bir şadırvan vardır. Giriş kanadındaki iki tabhane mekanı yıldız tonozla; diğer mekanlar birer kubbe ile örtülüdür. Yapının giriş kanadının üst katında hünkâr mahfili bulunmaktadır. Kuzey cephesindeki konsollardan, beş birimli bir son cemaat yeri yapılmasının planlandığı, ancak hiç inşa edilmediği anlaşılmaktadır. Kuzey kanadının iki köşesinde yer alan minareler XIX. yüzyılda inşa edilmişlerdir.